Velik dio današnjih istraživanja kontaktnih leća okrenuto je tretmanu i prevenciji bolesti koje su rezultat kontaminacije i kolonizacije kontaktnih leća stranih organizama. Specijalisti se uglavnom slažu da je najistaknutija komplikacija nošenja kontaktnih leća mikorbiološki keratitis, a najčešći patogen Pseudomonas aeruginosa.
I drugi organizmi su također važni uzročnici bakterijskog keratitisa povezanog s nošenjem kontaktnih leća, iako njihova učestalost varira na različitim lokacijama. Oni uključuju i vrste bakterija Staphylococcus (aureus i epidermidis) i Streptococcus, između ostalih. Keratitis uzrokovan mikroorganizmima je u fokusu današnjih istraživanja stoga što može imati razoran učinak na oči, uključujući težak gubitak vida.
Jedna od posebno važnih tema istraživanja je kako mikrobi poput Pseudomonas aeruginosa napadnu oko i uzrokuju infekciju. Iako patogeneza keratitisa uzrokovanog mikroorganizmima nije u potpunosti objašnjena, mnogi različiti faktori se istražuju. Jedna grupa znanstvenika je otkrila da je hipoksija rožnice (corneal hypoxia) pogoršana bakterijom Pseudomonas koje vezuju epitel rožnice, upijanjem mikroba i upalnom reakcijom. Jedan način ublažavanja hipoksije je povećavanje količine kisika koji je dopremljen u rožnicu. Iako leće napravljene od silikonskog hidrogela uklanjaju hipoksiju kod pacijenata zbog visoke razine prijenosa kisika, čini se da su učestalije podloge za bakterijsku kontaminaciju i zarazu rožnice nego konvencionalne mekane leće od hidrogela. Jedna novija studija je pokazala da bakterije Pseudomonas aeruginosa i Staphylococcus epidermis jače prianjaju kontaktnim lećama od silikonskog hidrogela. Također je pokazala da Pseudomonas aeruginosa prianja 20 puta jače od Staphylococcus epidermis , što bi moglo objasniti zašto su infekcije bakterijom Pseudomonas učestalije.
Još jedno važno područje istraživanja kontaktnih leća je spremnost pacijenata na suradnju i praćenje uputstava. Njegova važnost se sastoji u tome što neposlušnost pacijenata često rezultira kontaminacijom leća i/ili njihove kutijice za pohranu. Dostupnost višenamjenskih otopina i leća za jednokratnu upotrebu je pomogla smanjiti učestalost nekih problema nastalih zbog lošeg čišćenja, ali razvijaju se i nove metode prevencije kontaminacije. Izumljena je kutijica za pohranu leća impregnirana srebrom koje pomaže ukloniti mikrobe koji bi mogli kontaminirati kutijicu. Također, razvijen je veći broj antimikrobnih sredstava koji su sastavni dio samih leća. Kontaktne leće s kovalentno vezanim molekulama selena smanjuju nastanak kolonija bakterija bez negativnog utjecaja na rožnicu zečjeg oka. A upotrebom oktilglukozida kao surfaktanta smanjuje se prianjanje bakterija. Ovi spojevi su od posebnog interesa proizvođačima kontaktnih leća i optometristima zato što unatoč mogućoj nekvalitetnoj suradnji pacijenata uspješno umanjuju učinke bakterijske kolonizacije.